Ствол у старых деревьев сбежистый, ребристый. Латеральные (боковые побеги второго порядка) располагаются равномерно вдоль основного побега, косо вверх восходящие, мутовчатое ветвление отсутствует. Терминальные (верхушечные, за счет которых нарастает длина) побеги слегка доминируют над латеральными. Отличительная особенность – присутствие большого количества «спящих», латентных почек на молодых и старых побегах, в т.ч. и на стволе, которые при активном ветвлении образуют пучки. Это способствует высокую способность растения к восстановлению и регенерации после обрезки. Побеги тиса очень упругие и хорошо гнутся.
Листья
Листорасположение очередное (спирально). На вертикально ориентированных побегах это ярко выражено. В процессе роста горизонтально ориентированных побегов короткие черешки изгибаются и визуально воспринимаются как двурядно расположенные. Листья кожистые, мягкие, без смоляных каналов, темно-зеленые, линейные в тенистой части кроны, серповидно изогнутые в более освещенных местах, длиной 2-5 см и шириной до 3 мм. Сверху листа наблюдается выраженная продольная жилка, с нижней части две светлые устьичных полоски. На побеге держатся 4-8 лет. Содержат алкалоид, токсичны для человека.
Кора
У молодых растений тонкая, гладкая, красно-коричневая или красно-бурая. С возрастом становится коричнево-бурой, продольно трещиноватая с отслаивающимися продольно пластинами.
Корневая система
Пластичная, хорошо развитая, широкая и глубокая, способна добывать воду из глубоких водоносных горизонтов. Обладает эндотрофной микоризой, что способствует адаптацию растения к любым структурам почв. Легко образует придаточные корни.
Мегастробилы
Размещаются на вершинах коротких пазушных побегов, по одному и созревают в тот же год. Содержат 1 (реже 2 или 3) семязачатка. Мелкие, зеленого цвета, похожи на почки, которые перед опылением содержат на концах опылительные капли. При созревании образуют мясистый присемянник, который изначально зеленый, внешне напоминающий желудь, затем окрашивается (обычно в красный цвет, реже в желтый или оранжевый), принимает округлые формы и напоминают внешне ягоду с желеобразной консистенцией.
Микростробилы
Многочисленные, размещаются по одному в пазухах вегетативных листьев внизу облиственных побегов, шаровидные, с мелкими чешуйками. Короткие ножки увеличиваются за несколько часов перед цветением. Содержит 6-14 щитковидных микроспорофиллов и во время цветения напоминает небольшие декоративные соцветия.
Семена
Созревают в конце сентября, за 6-8 недель после оплодотворения. Продолговатые, яйцевидной формы, длиной до 8 мм и шириной до 5 мм. Сверху до верхушки или частично покрыты мясистой ягодообразной оболочкой, с которой не расстаются. Прорастают долго из-за твердой, мощной кожуры. Токсичны.